En su adolescencia, desarrolló un fuerte interés por las ciencias. Cursó estudios de Química y Medicina. Fue autor de varios trabajos publicados en cada una de esas disciplinas. Contrajo matrimonio con Johanna Henriette Kucher, la hija de un farmacéutico, de quien Hahnemann fue su aprendiz durante muchos meses. La medicina, tal como existía a finales del siglo XVIII o inicios del siglo XIX, no podía considerarse todavía medicina, sino una amalgama de recetas extrañas. Antes de cumplir los veinticinco años, ya trabajaba como médico privado del gobernador de Transilvania. Obtuvo el título de Médico en 1777 en la Universidad de Leipzig.

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Desilusionado de la medicina de su época, que no había podido salvar la vida de dos de sus hijos, Hahnemann abandonó la profesión, y se dedicó a la química y a la traducción. Justamente cuando estaba traduciendo un libro de materia médica del escocés Cullen, leyó un párrafo dedicado a la corteza de la quina (de dónde se extrae la quinina, para el tratamiento del paludismo), lo que le hizo pensar que la ley de la Semejanza podía tener la explicación de la eficacia de algunos medicamentos.

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Hahnemann decide experimentar en sí mismo la quina y comprueba que el principio de la similitud es real cuando experimenta síntomas artificiales provocados por esa sustancia, que eran similares al paludismo (enfermedad normalmente tratada con la quina).